Intervenants

Thomas Sauter est professeur de biologie des systèmes et directeur d'étude à l'université du Luxembourg. Ses recherches portent sur la biologie des systèmes computationnelle, en particulier sur l'intégration de données basées sur des modèles et l'analyse de réseaux spécifiques à des maladies. Il est convaincu que le langage mathématique et ses méthodes sont indispensables à la recherche biologique moderne, car ils permettent d'extraire des connaissances à partir d’énormes quantités de données générées et ainsi consolider notre compréhension. La formalisation de nos connaissances biologiques sera d'une importance capitale pour de nombreux traitements en médecine personnalisée, à l'instar de ce qui s'est passé en physique au cours du siècle dernier. Une étape clé est la capacité d'intégrer de nombreux ensembles de données à grande échelle dans des modèles informatiques cohérents et spécifiques. Cette activité de recherche clé du professeur Sauter et de son équipe fonde les bases de nombreuses collaborations avec des partenaires orientés vers l'expérimentation et permet d’établir des applications afin d’identifier des cibles médicamenteuses et de repositionner des médicaments.

Dr. Maria Pires Pacheco

Dr Maria Pires Pacheco est post-doctorante en biologie des systèmes à l'Université du Luxembourg, spécialisée dans la modélisation métabolique. Elle s'intéresse principalement à l'implémentation d'algorithmes pour construire des modèles métaboliques spécifiques au contexte (famille FASTCORE) et à l'utilisation de modèles métaboliques pour prédire les candidats-médicaments.

Prof. Johannes Hertel

Après avoir étudié la psychologie et les biomathématiques, Johannes Hertel a terminé ses études de doctorat en 2018 à la faculté de médecine de Greifswald dans le domaine des sciences médicales. Dans sa thèse de doctorat, il a déterminé des mesures de l'âge biologique via des algorithmes d'apprentissage automatique utilisant des données multi-omiques et a ensuite généralisé la méthodologie à un cadre statistiquement bien défini pour la personnalisation des phénotypes médicaux. L'un des principaux résultats théoriques de son travail étant que les approches d'apprentissage statistique seules ne permettent pas une contextualisation suffisante en termes d'intégration des connaissances antérieures pour parvenir à une médecine personnalisée, il a décidé d'étendre son ensemble de compétences méthodologiques avec des paradigmes de la biologie des systèmes issus du domaine de la modélisation déterministe basée sur les connaissances. À cette fin, il a rejoint en 2018 le groupe du professeur Ines Thiele au Centre luxembourgeois pour la Biomédecine des Systèmes (LCSB) en tant que post-doctorant et l'a suivie à l'Université de Galway en 2019, où il a travaillé sur l'intersection des approches de modélisation déterministe basée sur les connaissances avec des méthodes issues des statistiques de population, en particulier dans le domaine de la recherche sur le microbiome et le métabolisme. En 2021, il a été nommé professeur junior (avec piste de titularisation) pour la biologie des systèmes et la transposition en psychiatrie. Il se concentre actuellement sur le paradigme de la modélisation basée sur les contraintes des cohortes, qui utilise la modélisation basée sur les contraintes pour la génération de jumeaux numériques de participants caractérisés par des données multi-omiques.

Karlis Moors

Karlis Arturs Moors, né à Riga, en Lettonie, est doctorant en troisième année dans le groupe de recherche Biologie des Systèmes Médicale à l'université Christian-Albrechts (CAU) de Kiel, en Allemagne. Karlis a obtenu sa licence au Programme scientifique de Maastricht (Maastricht, Pays-Bas) où il s'est concentré sur la biologie moléculaire et la génétique. Karlis a poursuivi ses études à Maastricht et a obtenu un master dans le programme de biologie des systèmes. Le travail de doctorat actuel de Karlis se concentre sur l'élucidation des interactions hôte-microbiome en utilisant des approches de modélisation métabolique. Ses recherches font partie du Centre de recherche collaboratif 1182 qui étudie les interactions des communautés microbiennes avec les organismes hôtes multicellulaires. Ses travaux portent principalement sur l'organisme modèle Caenorhabditis elegans et son microbiome. Comprendre comment le microbiome natif de C. elegans protège l'hôte contre les pathogènes naturels et quelles sont les interactions métaboliques générales existantes entre l'hôte et son microbiome est la principale priorité. À cette fin, Karlis a utilisé des données transcriptomiques pour créer des modèles spécifiques au C. elegans et des modèles couplés hôte-microbe pour étudier de plus près les interactions métaboliques qui se produisent dans des conditions normales et infectées. En outre, Karlis participe à des projets de recherche portant sur les interactions hôte-microbiome chez l'homme, la souris et l'hydre, en collaboration avec de nombreux groupes de recherche à Kiel et dans le reste de l'Allemagne.